L'existence du stock dans Copilote est liée à la présence d'une référence à un ou plusieurs emplacements. A vocation logistique, Copilote interdit donc tout stock négatif.

Un stock est identifié par un emplacement, une quantité et le cas échéant :

• Un lot, une péremption, une réservation (dans le cas de stock client), un type de conditionnement, un numéro de série 
• Les sorties sont réalisées en mode FIFO (First In First Out) ou FEFO (First Expired First Out) en cas de gestion des péremptions.