L'existence du stock dans Copilote Pharmacie Hospitalière est liée à la présence d'une référence à un ou plusieurs emplacements. A vocation logistique, Copilote Pharmacie Hospitalière interdit donc tout stock négatif.

Un stock est identifié par un emplacement, une quantité et le cas échéant :

• Un lot, une péremption, une réservation (dans le cas des ATU), un type de conditionnement (fournisseur ou "reblistérisé") 
• Les sorties sont réalisées en mode FIFO (First In First Out) ou FEFO (First Expired First Out) en cas de gestion des péremptions.

Copilote Pharmacie Hospitalière a la connaissance, en temps réel, de la quantité physique en stock, de la quantité disponible (physique moins des demandes en cours), ainsi que de la quantité commandée auprès des fournisseurs.